军民共建的田南公路动工兴建，将结束南三镇最后一个村委会不通公路的历史。

南三镇小学参加全国、省、市学科竞赛，五年级省级“育苗杯”，六年级国家级“奥数”竞赛再创佳绩，其中获“奥数”一等奖6人，二等奖14人，三等奖28人。

南三镇新来、巴东、舜广、南滘、竹围、调东小学被评为区一级学校，南三中学和中心小学被评为市一级学校。

南三镇南米村委会砖窑村被评为市级生态文明村和市级合格卫生村。

南三镇被评为区安全生产先进单位。

南三蔬菜（红萝卜）基地被广东省农业厅批准为无公害红萝卜产地，并颁发了证书。

预计总投资300多万元的办公大楼2003年11月破土动工。

原全国人大常委会副委员长费孝通为湛江市八景之一“南三听涛”亲笔题词:“听涛景区，休闲乐土。”

湛江市人民政府正式授匾“南三听涛”给南三镇政府。

湛江市发动全市人民(包括网上投票)投票、专家评议评选湛江市八景。南三岛被评为湛江市八景之一，命名为“南三听涛”。

全国第五次人口普查。

湛江发电厂投资兴建“南三岛测风塔”，在南三岛东海岸立起2座高60米的测风塔，安装自动测风表4个，每月省气象台派员前来收录测风资料，并统计成册，为开发南三岛风力发电场作前期准备。

秋，在南海舰队和湛江军分区官兵的支持下，镇领导经过大力发动群众奋战68天，9.5公里的海丰公路建成通车。

湛江市人民政府以湛府通[1999]6号文将南三岛“广州湾靖海宫”田头村“陈氏小宗”列为市第四批文物保护单位。

改革农村管理体制，实行村民自治，撤销管理区改称村民委员会。南三岛共置村民委员会13个，村民委员会下辖村民小组。

是年，南三邮电支局实行邮政、电信分家，办公地址照原不变。

南三车渡码头扩建动工。码头面积5640平方米，长32米，护岸长110米，航道1850米，底宽45米，有泊位7个，翌年投入使用。

第13号强台风袭击南三岛，倒毁房屋，农作物受损，经济损失6767.6万元。

是年，南三诗社成立。

当年第15号强台风袭击南三岛，风力12级以上，最高风速达57米秒。全岛经济受到严重损失，电网受到严重破坏，停电达三个月之久。